红水河难通航的主要原因包括：
水电站建设：
自1970年代起，红水河上建成的近10座大中型水电站，如龙滩、岩滩和大化水电站等，未能同步建设过船设施或过船能力过低，导致红水河只能区间通航，实际断航已长达近半个世纪。
航道淤滞和狭窄：
红水河航道淤滞和狭窄，这些因素极大地影响了通航能力。
缺乏现代化设备和管理：
目前红水河的水路交通设施和管理机制不足，缺乏现代化的设备配备和管理手段，限制了红水河水运的发展。
风险可控性不高：
红水河沿线地质情况复杂，水文气象条件恶劣，增加了航行风险。同时，水运管理体系不完善、安全意识不足、应急处置能力不强，导致航运风险难以控制。
船闸通过能力不足：
特别是龙滩水电站未建航道船闸，成为制约红水河全线通航的障碍。
红水河作为西南地区重要的水运出海通道，断航问题严重制约了当地航运业和地方经济的发展