在房屋存在抵押权的情况下，进行确权需要遵循以下步骤：
获得银行同意
买卖双方需要达成关于房屋产权变更的一致协议，并携带此协议前往银行进行申请。
关键在于获得银行的许可。如果银行同意产权变更，贷款人的身份将从卖方转变为买方，银行会出具相应的证明。
准备必要材料
在取得银行的许可和证明后，买卖双方需携带以下材料前往房屋所在地的房管部门：
银行出具的证明
房产证
权属变更协议
户口本和身份证等必要材料。
办理产权变更登记
在房管部门，买卖双方将上述材料提交给工作人员，按照流程办理房屋产权变更登记手续。
完成登记后，房屋产权将从卖方变更为买方，并颁发新的房产证。
法院确权
根据相关法律条文和司法解释，法院是可以对已经抵押的房产进行确权的，但需要办理房产初始登记。
如果房屋可以办理房产证，一般都可以办理确权。但在某些特定情形下，当事人不能提起确权之诉，例如房屋买卖合同签订后，出卖人拒绝办理房产过户手续。
建议
与银行保持沟通：在整个过程中，与银行保持良好沟通非常重要，确保银行同意并协助完成产权变更。
选择可靠中介：如果手续复杂或难以办理，可以考虑通过中介公司垫付资金来办理，但需注意风险。
咨询专业律师：在办理过程中，如遇到纠纷或复杂情况，建议及时联系专业律师进行处理，以确保自身权益。