船员健康证过期后，应按照以下步骤处理：
重新申请健康证书
健康证书有效期满的，海船船员应重新申请健康证书。
在航行中有效期期满的处理
健康证书在航行中有效期期满的，在到达下一个有缔约国认可的从业医生的停靠港之前，该健康证书仍然有效，但为期不得超过3个月。
紧急情况下的处理
在紧急情况下，海事管理机构可允许持有近日过期的健康证书的海船船员工作至下一个具有缔约国认可从业医生的港口，但许可的期限不得超过3个月。
健康证书损坏或遗失的处理
健康证书损坏的，应缴回被损坏的证书原件；
健康证书遗失的，应在发行范围覆盖全国的报纸上登载健康证书遗失公告，自公告之日起满30日后方可申请补发；
申请在水上交通事故中灭失的健康证书补发的，应向体检机构提交事故证明。
信息变更的处理
申请健康证书所载船员身份信息纠错的，应向海事管理机构提交身份证签发机关出具的相关证明变更身份信息后，向原签发健康证书的体检机构申请健康证书信息变更；
申请健康证书所载的除船员身份信息外的其他信息纠错的，应向原签发健康证书的体检机构提交相关证明材料申请变更。
重新申请健康体检的情况
丧失工作能力超过30天的；
因医疗原因离船的；
健康状况发生变化影响其履行岗位职责的其他情况。
建议船员在健康证即将到期前尽快安排下船，并提前了解并遵守相关海事管理机构的要求，以确保顺利换证和保持适任资格。