对于已经认证的发票作废，应当采取以下步骤：
了解作废条件和流程
根据发票作废的原因，向税务机关询问发票作废的条件和流程。
提交作废申请
将发票作废的申请报告税务机关，并根据税务机关的要求提交相关申请材料。
报备作废信息
在收到税务机关的作废通知后，准备好相关凭证和单据，及时报备税务机关。
销毁作废发票
在收到税务机关的作废批复后，将作废发票全部销毁，以确保发票安全。
特殊情况处理
已认证发票的作废处理
如果发票已经认证，则不能直接作废，需要按照税务机关的规定，开具红字增值税专用发票进行冲抵。
购货方已认证发票的作废
购货方主管税务机关会通过《增值税抵扣凭证审核检查管理系统》向销售方主管税务机关发出协查信息，销售方主管税务机关需要实地核实发票作废原因及抄报税情况，并通过系统回函购货方主管税务机关。购货方需要根据回函情况作进项税额转出处理。
违规作废发票的处理
如果销售方违规作废发票，税务机关会通过“抵扣凭证核查系统”进行监控和调查，销售方可能面临处罚。
建议
及时沟通：一旦发现发票需要作废，应尽快与税务机关沟通，了解具体流程和要求。
妥善保存：确保所有相关凭证和单据得到妥善保存，以备税务机关查验。
遵守规定：严格按照税务机关的规定进行发票作废处理，避免违规操作带来的不必要的麻烦。
通过以上步骤和建议，可以有效处理已经认证的发票作废问题，确保税务处理的合规性和安全性。