税务机关核定税额的方法主要有以下几种：
参照当地同类行业或者类似行业中，经营规模和收入水平相近的纳税人的收入额和利润率核定 。按照成本加合理费用和利润的方法核定
。
按照耗用的原材料、燃料、动力等推算或者测算核定。
按照其他合理的方法核定。
如果采用一种方法不足以正确核定应纳税额，可以同时采用两种以上的方法进行核定。纳税人对税务机关采取的规定方法核定的应纳税额有异议的，应当提供相关证据，经税务机关认定后，调整应纳税额。
此外，对于个人住房转让所得，如果纳税人未提供完整、准确的房屋原值凭证，不能正确计算房屋原值和应纳税额的，税务机关可以实行核定征税，即按纳税人住房转让收入的一定比例核定应纳个人所得税额。具体比例由省税务局或者省税务局授权的市税务局根据纳税人出售住房的所处区域、地理位置、建造时间、房屋类型、住房平均价格水平等因素确定，范围在住房转让收入的1%至3%之间。
核定征收方式包括定额征收和核定应纳税所得率征收两种办法：
定额征收：
直接核定所得税额。
核定应税所得率征收：
按照收入总额或成本费用等项目的实际发生额，按预先核定的应税所得率计算缴纳所得税。
公司税务核定征收的操作流程如下：
1. 登录新电子税局，依次点击【我要办税】-【税费申报及缴纳】-【定期定额户申请核定及调整定额】功能菜单。
2. 系统会根据纳税人的历史办税记录，自动匹配申请模式，分别为首次核定定额、调整定额、延续定额。
3. 首次核定定额的纳税人需对系统预填信息进行确认，如纳税人类型、核定日期起止、月应纳税经营额等数据。
4. 点击【应纳税额明细】，展开区域可查看明细税额信息。
5. 确认数据无误后，点击【提交】，页面显示“提交成功”。
6. 提交成功后，可以点击进入【我要查询】-【涉税信息查询】-【办税进度及结果信息查询】功能菜单，输入办理日期，点击【查询】，即可在【进度详情】中查看申请进度。
这些方法确保了税额核定的准确性和合理性，同时也考虑到了纳税人的权益。如果纳税人对税务机关的核定结果有异议，可以通过行政复议或行政诉讼的方式进行申诉。