如果发现土地确权证书内容登记错误，可以采取以下步骤进行更正：
协商沟通
首先，尝试与自然资源部门进行沟通协商，说明登记错误的具体情况，并要求其及时更正。在沟通过程中，保持冷静理性，并提供充分的证据材料。
申请行政复议
如果协商无果，可以向上一级自然资源部门或地方政府申请行政复议。根据《中华人民共和国行政复议法》，公民、法人或其他组织认为行政机关的具体行政行为侵犯其合法权益的，有权提出行政复议申请。
提起行政诉讼
如果行政复议未能解决问题，权利人可以向人民法院提起行政诉讼。法院将依法对行政行为的合法性进行审查，并作出相应判决。
收集证据
确保手头有充分的证据材料，包括但不限于原土地登记申请书、身份证、相关权属证明文件等。这些证据将有助于在更正过程中证明权利人的权益。
书面申请
向自然资源部门提交书面申请，详细说明登记错误的情况及要求更正的具体内容。在申请中，应提供足够的证据来支持权利人的主张。
跟踪进展
在申请提交后，密切关注处理进展，必要时可通过电话、邮件等方式进行催促，以确保问题能够及时得到解决。
寻求法律援助
如果自身对法律程序不熟悉，建议咨询专业律师，获取更专业的法律建议和帮助。律师可以帮助权利人更有效地进行协商、申请行政复议和提起行政诉讼。
通过以上步骤，权利人可以通过合法途径纠正土地确权证书中的错误，确保其权益得到保障。