中外合作办学的历史可以追溯到 晚清时期。最早的雏形出现在1876年，由英国驻沪领事麦华佗倡议创办的格致书院，这被视为中国近代中外合作办学之先河。随后，在民国时期，圣约翰书院、广州格致书院等教育机构相继建立，部分书院后发展为知名高校。
新中国成立后，中外合作办学在1949-1977年间经历了探索发展阶段，这一时期的合作办学主要立足于“国家所需”，例如原苏联航空专家参与我国航校建设，以及大连海校、哈尔滨工业大学等的筹建。
1978年党的十一届三中全会后，中外合作办学逐渐复苏。1986年，南京大学与约翰·霍普金森大学合作共建的“中美文化研究中心”成为高校间首个合作办学机构，1987年天津财经学院与美国俄克拉荷马大学合作举办的中国MBA培训班是首个高校合作办学项目。
2001年中国加入WTO后，中外合作办学进入快速发展阶段。2003年国务院颁布《中外合作办学条例》，2004年教育部出台相关实施办法等，此后还开展了评估等工作，以提高办学质量，规范办学秩序。
综上所述，中外合作办学起始于晚清时期，经过多个阶段的发展，如今已经形成了较为完善的教育合作模式，并在我国教育体系中占据了重要地位。