科研奖金的扣税方法如下：
企业发放的科研奖励费
一般情况下，企业发放科研奖励费应支付15%的个人所得税。
如果发放给企业股东、法人代表和单位职工，则需要支付20%的个人所得税。
如果发放金额超过1000元，则还需要支付累计额2.1%的个人所得税。
非营利性科研机构和高校向科技人员发放的现金奖励
在填报《扣缴个人所得税报告表》时，应将当期现金奖励收入金额与当月工资、薪金合并，全额计入“收入额”列。
将现金奖励的50%填至《扣缴个人所得税报告表》“免税所得”列，并在备注栏注明“科技人员现金奖励免税部分”字样。
以“收入额”减除“免税所得”以及相关扣除后的余额计算缴纳个人所得税。
事业单位科研人员奖金
奖金属于工资、薪金所得，需要缴纳个人所得税。
事业单位科研人员奖金可不受限，但个人所得税还是要继续缴纳的。
个人所得税的优惠政策
对于符合条件的科技人员取得的职务科技成果转化现金奖励，可减按50%计入科技人员当月“工资、薪金所得”，依法缴纳个人所得税。
建议
企业：在发放科研奖励费时，应严格按照相关税法规定计算并代扣代缴个人所得税，确保合规性。
非营利性科研机构和高校：在填报税务表格时，应注意将现金奖励部分按照优惠政策进行申报，以享受税收优惠。
科研人员：在接收奖金时，应了解相关税收政策，确保自己的合法权益得到保障。